Sequencher نرم افزاری برای سنجش، اعمال تغییرات و آنالیز انواع ساختار های دی ان ای، الگوریتم های توالی نسل بعدی و کانتیگ ژن است. شما قادرید هر گونه عملیاتی مانند بازسازی ساختار دی ان ای، تجزیه و تحلیل سانگر، آنالیز SNP و ... را به راحتی توسط این نرم افزار به انجام برسانید. به علاوه این نرم افزار یکپارچگی کاملی با مجموعه Cufflinks suite دارد که به این ترتیب کاربران می توانند به راحتی تمامی رشته های آر ان ای را تجزیه و تحلیل کنند. همچنین این نرم افزار می تواند از تمامی رشته ها و توالی های دی ان ای و آر ان ای نمایی گرافیکی به همراه جداول و نمودار های جامع ارائه دهد.