پی سی دانلود - molecular-simulation

Schrödinger PyMOL یکی از قدرتمندترین و شناخته‌شده‌ترین نرم‌افزارهای تجسم سه‌بعدی ساختارهای مولکولی در جهان است که توسط شرکت Schrödinger توسعه و پشتیبانی می‌شود. این نرم‌افزار به‌طور گسترده در حوزه‌های زیست‌شناسی ساختاری، بیوشیمی، شیمی محاسباتی، طراحی دارو، زیست‌فناوری و تحقیقات دانشگاهی مورد استفاده قرار می‌گیرد. PyMOL با ارائه موتور گرافیکی قدرتمند و ابزارهای حرفه‌ای برای نمایش، تحلیل و تهیه تصاویر با کیفیت بالا، به پژوهشگران کمک می‌کند تا ساختار پروتئین‌ها، DNA، RNA، لیگاندها، کمپلکس‌های مولکولی و سایر ماکرومولکول‌ها را با دقت بسیار زیاد بررسی کنند.

PyMOL علاوه بر نمایش دقیق مدل‌های مولکولی، امکانات گسترده‌ای برای تحلیل برهم‌کنش‌های بین مولکول‌ها، اندازه‌گیری فواصل و زوایا، بررسی پیوندهای هیدروژنی، نمایش سطوح مولکولی، محاسبه نواحی دسترس‌پذیر و مقایسه ساختارهای مختلف ارائه می‌دهد.

MolSoft ICM-Pro یک نرم‌افزار پیشرفته برای مدل‌سازی مولکولی، بیوانفورماتیک، شیمی محاسباتی (Cheminformatics)، طراحی دارو مبتنی بر ساختار (Structure-Based Drug Design - SBDD) و شبیه‌سازی برهم‌کنش‌های مولکولی است که توسط شرکت MolSoft LLC توسعه یافته است. این نرم‌افزار یکی از شناخته‌شده‌ترین پلتفرم‌های تحقیقاتی در حوزه طراحی دارو، زیست‌شناسی ساختاری و بیوشیمی محاسباتی محسوب می‌شود و توسط دانشگاه‌ها، مراکز تحقیقاتی و شرکت‌های داروسازی در سراسر جهان مورد استفاده قرار می‌گیرد. 
ICM-Pro مجموعه‌ای یکپارچه از ابزارهای مدل‌سازی پروتئین، داکینگ مولکولی، طراحی لیگاند، دینامیک مولکولی، پیش‌بینی ساختار پروتئین، آنالیز جهش‌ها، شبیه‌سازی کمپلکس‌های پروتئین-لیگاند و تحلیل داده‌های زیستی را در یک محیط گرافیکی قدرتمند ارائه می‌دهد. این نرم‌افزار بر پایه فناوری اختصاصی Internal Coordinate Mechanics (ICM) توسعه یافته است که با کاهش تعداد متغیرهای محاسباتی، سرعت و دقت مدل‌سازی را نسبت به بسیاری از روش‌های سنتی افزایش می‌دهد. 

نرم‌افزار ORCA یکی از قدرتمندترین و پرکاربردترین بسته‌های شیمی محاسباتی مبتنی بر مکانیک کوانتومی است که برای انجام محاسبات دقیق ساختار الکترونی سیستم‌های مولکولی توسعه یافته است. این نرم‌افزار توسط گروه تحقیقاتی Frank Neese طراحی شده و به‌طور گسترده در پژوهش‌های دانشگاهی و صنعتی، به‌ویژه در شیمی نظری، شیمی فیزیک، بیوشیمی و علم مواد مورد استفاده قرار می‌گیرد.

ORCA با تمرکز بر تعادل میان دقت محاسباتی و کارایی عددی، امکان مطالعه سیستم‌های کوچک تا بزرگ را فراهم کرده و ابزارهای پیشرفته‌ای برای بررسی خواص الکترونیکی، انرژی، واکنش‌پذیری و طیف‌سنجی مولکول‌ها ارائه می‌دهد. این نرم‌افزار به دلیل پشتیبانی از روش‌های متنوع کوانتومی و سازگاری بالا با منابع محاسباتی مدرن، به یکی از انتخاب‌های اصلی پژوهشگران این حوزه تبدیل شده است.

Schrödinger Suite بدون شک کامل‌ترین و پیشرفته‌ترین نرم افزار شبیه سازی برای مهندسی شیمی و علم مواد است. این برنامه دقیق‌ترین شبیه سازی‌های مولکولی را می‌تواند پیاده سازی کند و کاربرد بسیار وسیعی در علوم مختلف از جمله پزشکی، دارو سازی، مواد و شیمی دارد. کمتر مهندسی وجود دارد که از نرم افزار شرودینگر استفاده نکرده باشد. نام این نرم افزار برگرفته از اروین شرودینگر، فیزیک‌دان اتریشی است که جدیدترین و کامل‌ترین نظریه اتمی فعلی متعلق به اوست. نظریه مکانیک کوانتوم نیز حاصل از تلاش‌های بی‌وقفه‌ی اوست و به همین دلیل بنیاد علمی شرودینگر، نام قوی‌ترین نرم افزار شبیه سازی اتمی را هم نام این دانشمند بزرگ قرار داد.
این برنامه به طور کلی از 5 بخش Small-Molecule Drug Discovery Suite و Materials Science Suite و Discovery Informatics Suite و PyMOL و Biologics Suite تشکیل شده است که هر کدام از این‌ها شامل تعداد زیادی برنامه مستقل از هم می‌باشند؛ مجموعه Schrödinger Suite شامل تمامی نرم افزارهای این 5 بخش می‌شود و به طور خلاصه، تمامی نرم افزارهای تولید شده این شرکت را دارا است و برای همه علوم کاربرد دارد.

Dockamon PyRx یک مجموعه نرم‌افزاری پیشرفته در حوزه طراحی دارو مبتنی بر ساختار (Structure-Based Drug Design - SBDD) است که دو ابزار قدرتمند Dockamon و PyRx را در یک محیط یکپارچه ترکیب می‌کند. این مجموعه برای پژوهشگران بیوانفورماتیک، شیمی دارویی، زیست‌شناسی محاسباتی، داروسازی و علوم مولکولی طراحی شده است تا فرآیندهای Molecular Docking، Virtual Screening، Ligand Scoring و تحلیل برهم‌کنش‌های پروتئین و لیگاند را با سرعت و دقت بیشتری انجام دهند.
PyRx سال‌هاست به‌عنوان یکی از محبوب‌ترین ابزارهای رایگان داکینگ مولکولی شناخته می‌شود و از موتورهای AutoDock و AutoDock Vina برای غربالگری مجازی ترکیبات استفاده می‌کند. نسخه Dockamon PyRx با افزودن نرم‌افزار Dockamon، امکانات حرفه‌ای‌تری مانند امتیازدهی مبتنی بر یادگیری ماشین (Machine Learning Scoring)، تحلیل دقیق نتایج داکینگ، نمایش تعاملی برهم‌کنش‌های مولکولی و ابزارهای پیشرفته آماده‌سازی ساختارهای پروتئین و لیگاند را نیز در اختیار کاربران قرار می‌دهد. این مجموعه با همکاری توسعه‌دهندگان PyRx و CrescentSilico توسعه یافته است. 

Schrödinger Suite بدون شک کامل‌ترین و پیشرفته‌ترین نرم افزار شبیه سازی برای مهندسی شیمی و علم مواد است. این برنامه دقیق‌ترین شبیه سازی‌های مولکولی را می‌تواند پیاده سازی کند و کاربرد بسیار وسیعی در علوم مختلف از جمله پزشکی، دارو سازی، مواد و شیمی دارد. کمتر مهندسی وجود دارد که از نرم افزار شرودینگر استفاده نکرده باشد. نام این نرم افزار برگرفته از اروین شرودینگر، فیزیک‌دان اتریشی است که جدیدترین و کامل‌ترین نظریه اتمی فعلی متعلق به اوست. نظریه مکانیک کوانتوم نیز حاصل از تلاش‌های بی‌وقفه‌ی اوست و به همین دلیل بنیاد علمی شرودینگر، نام قوی‌ترین نرم افزار شبیه سازی اتمی را هم نام این دانشمند بزرگ قرار داد.
این برنامه به طور کلی از 5 بخش Small-Molecule Drug Discovery Suite و Materials Science Suite و Discovery Informatics Suite و PyMOL و Biologics Suite تشکیل شده است که هر کدام از این‌ها شامل تعداد زیادی برنامه مستقل از هم می‌باشند؛ مجموعه Schrödinger Suite شامل تمامی نرم افزارهای این 5 بخش می‌شود و به طور خلاصه، تمامی نرم افزارهای تولید شده این شرکت را دارا است و برای همه علوم کاربرد دارد.

Schrödinger Suite بدون شک کامل‌ترین و پیشرفته‌ترین نرم افزار شبیه سازی برای مهندسی شیمی و علم مواد است. این برنامه دقیق‌ترین شبیه سازی‌های مولکولی را می‌تواند پیاده سازی کند و کاربرد بسیار وسیعی در علوم مختلف از جمله پزشکی، دارو سازی، مواد و شیمی دارد. کمتر مهندسی وجود دارد که از نرم افزار شرودینگر استفاده نکرده باشد. نام این نرم افزار برگرفته از اروین شرودینگر، فیزیک‌دان اتریشی است که جدیدترین و کامل‌ترین نظریه اتمی فعلی متعلق به اوست. نظریه مکانیک کوانتوم نیز حاصل از تلاش‌های بی‌وقفه‌ی اوست و به همین دلیل بنیاد علمی شرودینگر، نام قوی‌ترین نرم افزار شبیه سازی اتمی را هم نام این دانشمند بزرگ قرار داد.
این برنامه به طور کلی از 5 بخش Small-Molecule Drug Discovery Suite و Materials Science Suite و Discovery Informatics Suite و PyMOL و Biologics Suite تشکیل شده است که هر کدام از این‌ها شامل تعداد زیادی برنامه مستقل از هم می‌باشند؛ مجموعه Schrödinger Suite شامل تمامی نرم افزارهای این 5 بخش می‌شود و به طور خلاصه، تمامی نرم افزارهای تولید شده این شرکت را دارا است و برای همه علوم کاربرد دارد.