داستان Prince of Persia 3: The Two Thrones که قسمت سوم از بازی های شاهزاده ایرانی می باشد، از این قرار است که وقتی شاهزاده به شهر می رسد متوجه می شود که شهر غرق در آتش است. در نزدیکی شهر کشتی شاهزاده مورد حمله قرار می گیرد و کشتی غرق می شود و سربازانی که Babylon را تصرف کرده بودند Kaileena را با خود می برند. شاهزاده به کمک او می شتابد اما Vizier (عامل تمامی این مشکلات) که قول قدرت را داده است Kaileena را می کشد و به موجودی جاودانه تبدیل می شود و شن های زمان مجدداً آزاد می شوند. در این گیر و دار خنجر زمان (The Dagger of Time) به دست شاهزاده می افتد و به صورت ناگهانی خود شاهزاده هم تبدیل به یک نیمه Sand Creature می شود که فقط شکل و شمایل او عوض شده ولی عقل او سر جایش است. شاهزاده تصمیم می گیرد تا همه چیز را درست کند و شهر را به حالت اولیه ی خود در بیاورد ولی ...