AlleleID محصول شرکت PREMIER Biosoft نرم افزار جامعی است که در شناسایی باکتریها، پاتوژنها و طور کلی شناسایی گونههای زیستشناسی کاربرد دارد. این نرم افزار با همردیف کردن توالیهای مختلف (Align) با استفاده از ClustalW، نواحی محافظت شده (Conserved) و اختصاصی گونهها را آنالیز میکند. این نرم افزار در ادامه همچنین میتواند با استفاده از این اطلاعات، طراحی Primer و Probe را برای واکنش Real-Time PCR و ریز آرایه (Microarray) انجام دهد.